Úvod do R

Web stránka a základné prostredie: www.r-project.org

IDE prostredie: https://www.rstudio.com/products/RStudio/

Demo: čo budeme vedieť v R spraviť:

https://gallery.shinyapps.io/dist_calc/

https://gallery.shinyapps.io/Ebola-Dynamic/

Help

?solve alebo help(function) otvorí dokumentáciu k danej funkcii.

apropos("solve") nájde všetky funkcie obsahujúce dané slovo.

example(solve) spustí príklady k funkcii solve

example(heatmap)

help.search("solve") použijeme, ak nepoznáme presný názov funkcie: prehľadáva help alebo ??function

RSiteSearch('regression', restrict='functions', matchesPerPage=100)

help.start() spustí lokálne html prostredie pre help.

sessionInfo() vypíše informácie o aktuálnej verzii R a nainštalovaných balíčkoch.

Základné operácie a funkcie

+, -, *, /, ^

sqrt(), abs(), choose(n, k)

sin(), cos(), tan(), asin(), acos(), atan()

exp()

log(number, base=number)

log10(number) - dekadicky

exp(1)
## [1] 2.718282
pi
## [1] 3.141593
1:10
##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
diag(3)
##      [,1] [,2] [,3]
## [1,]    1    0    0
## [2,]    0    1    0
## [3,]    0    0    1

round(number, digits = pocet.miest)

round(pi, 2)
## [1] 3.14
round(0.5 + (-2:4))
## [1] -2  0  0  2  2  4  4

Základná syntax

object <- function(arguments) operátor priradenia

var <- 12
var
## [1] 12

alebo

( var <- 12 )
## [1] 12
var2 <- "a"
var3 <- "slovo"
"a" -> var3
var*var
## [1] 144
#var*var2

Na názvy premenných sa môžu používať písmená, číslice, bodka, podčiarkovník.

Nesmie sa začínať číslom; R je case sensitive.

v <- c( 2 , 3.1 , 5.4 )
v
## [1] 2.0 3.1 5.4
v+5
## [1]  7.0  8.1 10.4
sqrt(v)
## [1] 1.414214 1.760682 2.323790
A <- matrix( c(1,2,3,4,4,5,5,6,1), ncol=3, nrow=3, byrow=TRUE )

dim(A) rozmery matice

length(B) počet prvkov matice

t(A) transpozícia matice

A %*% A násobenie matíc

A * A násobenie po prvkoch

solve(A) inverzia matice

A %*% solve(A)
##               [,1]          [,2]         [,3]
## [1,]  1.000000e+00 -1.110223e-16 5.551115e-17
## [2,]  4.440892e-16  1.000000e+00 1.110223e-16
## [3,] -2.775558e-16  0.000000e+00 1.000000e+00

Práca s objektami

ls() vypíše všetky objekty, ktoré sa pri ukončení R uložia do súboru ‘.RData’.

rm(my_object1, my_object2, ...) slúži na odstraňovanie objektov.

rm(list = ls()) vymaže všetky objekty (bez ďalšieho varovania!).

class(object) vypíše typ objektu.

summary(object) je generická funkcia pre súhrnné informácie o rôznych typoch objektov.

gc() (garbage collection) niekedy užitočné na uvoľnenie pamäte po vymazaní veľkých objektov.

.Last.value vypíše hodnotu posledného vyčíslovaného výrazu.

dir() vypíše obsah aktuálneho adresára.

getwd() vypíše aktuálny adresár.

setwd("/home/user") zmena aktuálneho adresára.

q() ukončenie R.

Prostredie RStudio

Prostredie RStudio pozostáva zo štyroch okien.

  1. Source: okno so zdrojovými kódmi našich funkcií, dát a ďalších editovateľných súborov.

  2. Console: konzola R, do ktorej štandardne v R GUI píšeme príkazy. Toto okno obsahuje aj ďalšie záložky, ako napríklad Terminal, ktorý funguje rovnako ‘cmd’ vo Windows alebo okná, v ktorých sa kompilujú R Markdown súbory.

  3. Environment: v záložke ‘environment’ máme zoznam objektov vytvorených v momentálne používanom pracovnom prostredí; záložka ‘history’ obsahuje históriu príkazov

  4. Files, Plots…

-v záložke Files máme obsah aktuálneho adresára. Kliknutím na súbor (napríklad R funkciu) ho môžeme otvoriť a editovať.

-grafické výstupy sa zobrazujú v záložke Plots. Odtiaľto môžeme grafy exportovať napríklad do pdf.

-záložka packages obsahuje zoznam nainštalovaných balíčkov spolu s ich krátkym popisom a verziou. Pre načítanie niektorého z nich nemusíme do konzoly písať library(xxx), ale stačí ho zakliknúť v tomto zozname.

-Súbory s manuálmi volané cez ‘?’ sa zobrazujú priamo v RStudio v záložke Help