R Markdown

R Markdown je nástroj na tvorenie komplexných výstupov v rôznych formátoch, napríklad pdf, wordovské súbory, prezentácie a podobne. Keďže spája R s množštvom externých nástrojov, help nie je v tomto prípade dostupný cez ?.

Súbor R Markdown je textový súbor s príponou .Rmd, ktorý obvykle pozostáva z hlavičky, textu a častí kódov v R.

Hlavičku vytvorí RStudio automaticky, keď dáme cez File->New File->R Markdown vytvoriť nový markdown súbor. Všimnite si, že máme možnosť zvoliť typ výstupu (pdf, html, word), ktorý ale môžeme potom v hlavičke kedykoľvek zmeniť.

Otvorený súbor nie je prázdny, ale obsahuje vzorový text, ktorý ukazuje, ako sa do R Markdown vkladá R kód a výstupy z neho.

library(rmarkdown)

Samotný výstup vygenerujeme kliknutím na Knit: tento príkaz spustí všetky R kódy, v ktorých sme nešpecifikovali, že sa nemajú vykonávať pomocou parametra eval=FALSE, skompiluje vzorce napísané v TeXu, ktoré sa v dokumente nachádzajú a otvorí výsledný súbor.

Základné príkazy

Zdôraznenie

*italic*   **bold**

_italic_   __bold__

Hlavičky

# Header 1

## Header 2

### Header 3

Zoznamy

Neočíslované zoznamy:

* Item 1
* Item 2
+ Item 2a
+ Item 2b

Očíslované zoznamy:

1. Item 1
2. Item 2
3. Item 3
+ Item 3a
+ Item 3b

Linky

http://example.com

[linked phrase](http://example.com)

Obrázky zo siete alebo lokálne súbory v domovskom adresári:

![](http://example.com/logo.png)

![optional caption text](figures/img.png)

Pridávanie R a LaTeX kódu

Rkovské príkazy, ktoré chceme vykonať a zobraziť:

summary(cars$dist)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##    2.00   26.00   36.00   42.98   56.00  120.00
summary(cars$speed)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##     4.0    12.0    15.0    15.4    19.0    25.0

Grafy:

plot(cars, pch = 18)

LaTeX rovnice vnútri textu:

$equation$

Rovnice na samostatnom riadku:

$$ equation $$

Napríklad

$p_1=\frac{m_1}{\sum_{i=1}^k m_k}$

dá na výstupe \(p_i=\frac{m_i}{\sum_{i=1}^k m_k}, i=1,\ldots,k\).

Referencie

  1. Podrobnejší tutoriál je na https://ourcodingclub.github.io/tutorials/rmarkdown/ a na https://rmarkdown.rstudio.com/authoring_quick_tour.html

  2. K referenčnej príručke sa môžete dostať cez Help -> Markdown Quick Reference